Формирование коллекций музея-заповедника «Танаис» было начато в 1961 г. Основу собрания составили коллекции из раскопок городища, некрополя и округи Танаиса. После создания самостоятельного музея-заповедника в 1990 г., согласно приказу Министерства культуры РСФСР от 24.10.1991 г. № 362-П, основная часть коллекций из раскопок городища и некрополя Танаиса, насчитывающих 78807 предметов, были переданы из собрания Ростовского областного музея краеведения вновь образованному учреждению - Археологическому музею-заповеднику «Танаис». До 10.10.1993 г. производилось обустройство помещений для размещения коллекций и формирование штата сотрудников фондов музея. С 10.10.1993 г. ведется Книга поступлений основного фонда музея.
В 1996-1997 г. коллекции переехали из старого одноэтажного здания фондов (ныне в нем располагается Музей исторического костюма и Музей детства) во вновь построенное двухэтажное здание фондохранилища.
Фондовое собрание музея-заповедника на конец 2026 года составило 164878 единиц хранения, в том числе основного фонда – 127611, научно-вспомогательного – 36513, фонда сырьевых материалов - 754.
Хронологически коллекция музея охватывает следующие хронологические периоды: эпоха камня (верхний палеолит), эпоха бронзы (2 тыс. до н.э.), эпохи античности (III в. до н. э. - V в. н.э.) и средневековья (VII-IX вв., XII-XIV вв., XVII- начало XVIII вв.). Предметы и коллекции распределяются по исторически сложившимся в музее-заповеднике фондовым собраниям
Наиболее крупными и значимыми коллекциями являются:
-
Археология городища (АГ);
-
Археология эталонов (АЭ);
-
Археология некрополя (АН);
-
Археология округи (АО);
-
Нумизматика (НУМ);
-
Изобразительное искусство (ИЗО).
-
Антропология
Изобразительное искусство
Нумизматика
Археология округи
Археология некрополя
Археология эталонов
Археология городища