На территории музея-заповедника под руководством ведущих археологов  С.А. Науменко и С.М. Ильяшенко проводятся значительные исследования на некрополе Танаиса. Они осуществляются в черте охранных территорий заповедника на участках, где предполагаются строительные и дорожные работы, которые могут разрушить древние погребения и таким образом уничтожить важную часть донского культурного наследия.  Чтобы этого не произошло, и необходимы раскопки, которые в таких случаях называются охранно-спасательными. 

Работы за пределами цитадели (акрополя), в Западном районе древнего города, во время полевого сезона ведут польские археологи. Отряд возглавляет доктор Т. Шолль (Институт археологии Варшавского университета. Здесь продолжаются исследования на раскопе XXV – в западной части этого района Танаиса. 

Археологические исследования городища и некрополя Танаиса, проводимые Нижне-Донской экспедицией РАН совместно с заповедником, широко представлены в научной литературе 1970-х – 2000-х гг.

Это прежде всего академические издания: две монографии выдающегося российского археолога  Д.Б. Шелова, первого руководителя Нижне-Донской экспедиции и одного из основателей заповедника – «Танаис и Нижний Дон в III-I вв. до н.э.» и «Танаис и Нижний Дон в первые века н.э.»;

Труды других ведущих специалистов (Т.М. Арсеньевой, С.А. Науменко, И.В. Толочко, Б. Беттгера и др.): материалы по раскопкам  некрополя, отдельным категориям археологических находок, книга «Усадьбы Танаиса» (1992 г.), монография «Некрополь Танаиса» (2001 г.), двуязычные монографии с участием Германского института археологии и др.

С ранних лет существования музея-заповедника появились и издания научно-просветительного направления. В 1960 гг. – книги «Танаис – город потерянный и найденный», «Древний город Танаис» Д.Б. Шелова, «Танаис» Л.М. Казаковой. В 1980-х гг. традиция продолжилась. Вышли из печати популярные книги В.Ф. Чеснока: оригинальный сборник «Танаис» – очерки о музее в сопровождении стихов донских поэтов, посвященных древнему городу, а также книги «Вначале была легенда» и – уже в конце 90-х гг. – «Танаис в круге земном: легенды и факты». Две последние книги переизданы в 2000-х гг., тогда же под рубрикой «Античный мир юга России» выпущена серия новых очерков того же автора о Танаисе и донских древностях.

Сегодня главным изданием заповедника является сборник тематических статей научно-исследовательского, научно-методического и научно-популярного характера «Вестник Танаиса». В 1994 г. был выпущен первый номер сборника. Не сразу удалось сделать издание регулярным – такая возможность появилась более чем через 10 лет, и второй номер «Вестника» вышел в 2007 г. В 2012 г. вышел третий номер "Вестника". Он  посвящен  50-летнему юбилею музея. 

Музею всегда были необходимы издания малых печатных форм как одно из наиболее эффективных средств рекламы. Уже в первые десятилетия его существования появились художественно оформленные афиши, в 1980-х-90-х гг. – рекламные плакаты, два буклета-путеводителя, набор открыток «Танаис» и календарь. В 2000-е годы издан  ряд буклетов и проспектов, рассказывающих о заповеднике («Танаис» – 3 одноименных версии, «Под античным небом Танаиса» – 2 версии, в том числе одна трехъязычная и др.), памятниках его охранных территорий («Недвиговка – старый казачий хутор», работе археологов («Нижне-Донской экспедиции – 50 лет»), интерактивных программах музея («В гостях у Клио»). Вышли из печати новый путеводитель по музею-заповеднику, наборы открыток «Танаис» и «Бабочки. Античная мифология».

В июне 2011 г. выпущена новая версия буклета «В гостях у Клио».

 Кроме того, в 2011 г. намечена к изданию серия буклетов: «50 лет археологическому музею-заповеднику «Танаис»; «Танаисское кольцо» (памятники охранных территорий заповедника); «Феномен игрушки – от Танаиса до XXI века».

Также готовится к выпуску справочник «Олимпийский маршрут России». В нем собрана информация о выдающихся историко-археологических памятниках античной эпохи Ростовской области и Краснодарского края. Здесь представлены в едином комплексе античный мир юга России и традиции древней состязательной культуры в Северо-Восточном Причерноморье-Приазовье (от Танаиса до Сочи).

Издательскую продукцию по тематике заповедника посетители могут приобрести в киосках музейных касс.