«Танаис» – первый из созданных в России археологических музеев-заповедников на территории России. Его основу составляют участки античного города Танаиса, открытые в результате исследований Нижне-Донской экспедиции Института археологии Российской Академии наук, ведущихся с 1955 г. Город, названный по имени реки Танаис (Дон), в устье которой при впадении ее в Меотиду (Азовское море) был основан, почти восемь столетий играл значительную роль в экономической и политической жизни городов Северного Причерноморья и пограничных с ними пространств Великой Степи.
Инициаторами создания музея-заповедника были начальник Нижне-Донской экспедиции Д.Б. Шелов и зам. директора Ростовского областного музея краеведения С.М. Марков. В 1958 г. вышло постановление Ростовского облисполкома «О создании музея-заповедника «Танаис» как филиала Ростовского областного музея краеведения». В 1960 г. музею в бессрочное пользование была передана земля с основной площадью городища и прилегающими к нему участками некрополя. Началось строительство первых музейных зданий на основе щитовых конструкций: музейной экспозиции, администрации и двух небольших подсобных помещений. Были выделены две штатные единицы (заведующий и сторож). 1 августа 1961 г. музей открылся и принял первых посетителей.
В 1981 г. решением Ростоблисполкома утверждены охранные зоны заповедника площадью 1200 га. В 1990 г. музей-заповедник получил статус самостоятельного учреждения культуры.
Сегодня в заповеднике трудится около 50 человек. На территории его усадьбы размещаются новое здание музея с основной исторической экспозицией, здание фондохранилища, административные помещения, корпуса для стационарных и временных выставок, музейно-педагогических занятий, технические службы. Заповедник стал значительным культурно-просветительным и научным центром региона, известным далеко за его пределами.
Важнейшая роль в становлении и развитии музея-заповедника принадлежит полувековому творческому союзу заповедника и Нижне-Донской археологической экспедиции, ставшей с 1993 г. международной (отряды Германского Института археологии и Института археологии Варшавского университета).
На сегодняшний день раскопками вскрыта примерно десятая часть древнего города, а также значительная территория городского некрополя. Сформированы уникальные эталонные фондовые коллекции и неповторимая экспозиция «под открытым небом», которую составляет большинство исследованных участков городища. В эту экспозицию входят также масштабные реконструкции античных сооружений на музейной усадьбе и лапидарий – собрание массивных, объемных находок, преимущественно из камня. Предметы из раскопок, хранящиеся в фондах заповедника, насчитывают более 140 тысяч единиц. Самые выразительные из них можно увидеть в исторической экспозиции музея. В фондах создан уникальный «Зал амфорных эталонов» – единственный в Европе опыт открытого хранения амфорной тары. На музейной усадьбе также открыта экспозиция «Музей исторического костюма» и комплекс тематических выставок историко-археологического и художественного характера.
Музеем накоплен значительный опыт работы с посетителями, выработаны интересные эксклюзивные формы этой деятельности. К услугам туристов – серия экскурсионных маршрутов по экспозициям музея, городищу, памятникам истории, культуры и природы охранных территорий заповедника, охватывающих хронологический диапазон от эпохи палеолита до ХХ столетия. Проводятся разнообразные интерактивные программы: исторические практикумы на базе музейно-педагогических центров заповедника по древним ремесленным, письменным, торговым, спортивным технологиям; познавательные игры на основе состязаний; большие театрализованные массовые праздники в античных традициях. Музей издает буклеты, путеводители и другую научно-популярную литературу о Танаисе, специализированные археологические сборники.